Computational Genomics with R

ژنومیک محاسباتی با R یک نقطه شروع برای مبتدیان در تجزیه و تحلیل داده‌های ژنومی فراهم می‌کند و همچنین متخصصان پیشرفته‌تر را به تکنیک‌های تجزیه و تحلیل داده پیچیده در ژنومیک راهنمایی می‌کند. این کتاب موضوعاتی از برنامه‌نویسی R، یادگیری ماشین و آمار، تا آخرین تکنیک‌های تجزیه و تحلیل داده‌های ژنومی را پوشش می‌دهد. متن اطلاعات و توضیحات در دسترس را فراهم می‌کند، همیشه با زمینه ژنومیک در پس‌زمینه. این همچنین شامل مثال‌های عملی و مستند شده در R است بنابراین خوانندگان می‌توانند داده‌های خود را به سادگی با استفاده مجدد از کد ارائه‌شده تحلیل کنند. از آنجا که حوزه ژنومیک محاسباتی میان رشته‌ای است، نیاز به نقاط شروع مختلفی برای افراد با پیش‌زمینه‌های مختلف دارد. برای مثال، یک زیست‌شناس ممکن است بخش‌هایی از زیست‌شناسی پایه ژنوم را رد کند و با برنامه‌نویسی R شروع کند، در حالی که یک دانشمند کامپیوتر ممکن است بخواهد با زیست‌شناسی ژنوم شروع کند. بعد از خواندن: شما اصول اولیه R را خواهید داشت و قادر خواهید بود که به درستی به کاربردهای خاص R برای ژنومیک محاسباتی مانند استفاده از بسته‌های بیومدیرها شیرجه بزنید. شما با آمار، تکنیک‌های یادگیری نظارت شده و بدون نظارت آشنا خواهید شد که در مدل‌سازی داده‌ها و تجزیه و تحلیل اکتشافی داده‌های با بعد بالا مهم هستند. شما فواصل ژنومی و عملیات روی آن‌ها را درک خواهید کرد که برای وظایفی مانند هم‌ردیف کردن شمارش خواندن و تفسیر ویژگی‌های ژنومی استفاده می‌شوند. شما با اصول اولیه پردازش و بررسی کیفیت داده‌های تعیین توالی آشنا خواهید شد. شما قادر خواهید بود که تجزیه و تحلیل توالی انجام دهید، مانند محاسبه مقدار GC برای بخش‌هایی از یک ژنوم یا پیدا کردن مکان‌های اتصال عامل رونویسی. شما در مورد تکنیک‌های مصورسازی مورد استفاده در ژنومیک، مانند نقشه‌های گرما، طرح‌های متاژن، و مصورسازی مسیر ژنومی می‌دانید. شما با تجزیه و تحلیل مجموعه داده‌های تعیین توالی با توان عملیاتی بالا مانند RNA - seq، ChIP - seq و BS - seq آشنا خواهید بود. شما تکنیک‌های اساسی را برای یکپارچه‌سازی و تفسیر مجموعه داده‌های چند متغیره خواهید دانست. آلتونه آکالین رهبر گروه و رئیس پایگاه بیوانفورماتیک و علوم داده‌های Omic در موسسه بیولوژی سیستم‌های پزشکی برلین، مرکز ماکس دلبروک، برلین است. او از سال ۲۰۰۲ در حال توسعه روش‌های محاسباتی برای تجزیه و تحلیل و یکپارچه‌سازی مجموعه داده‌های ژنومیک در مقیاس بزرگ بوده‌است. او مجموعه گسترده‌ای از آثار را در این زمینه منتشر کرده‌است. چارچوب این کتاب از دوره‌های ژنومیک محاسباتی سالانه که او از سال ۲۰۱۵ سازماندهی و تدریس کرده‌است، رشد کرده‌است.

---